Les organismes de recherche agréés étaient, avant l’arrêt du 9 septembre 2020, très pénalisés en matière de Crédit d’Impôt Recherche (CIR) dans la mesure où ils ne devaient pas, en principe, intégrer dans la base de calcul de leur propre CIR, les dépenses exposées pour les besoins d’une opération sous-traitée par un tiers et étaient par ailleurs dans l’obligation de déduire les sommes facturées à des tiers au titre de dépenses de recherche qui leur étaient sous-traitées. En conséquence, bien souvent en pratique, au regard notamment des sommes à déduire du calcul de leur crédit d’impôt, ces sociétés ne pouvaient pas bénéficier du CIR quand bien même elles auraient réalisé des dépenses de recherche éligibles nettement individualisées en interne.

Cet arrêt du 9 septembre 2020 n° 440523 du Conseil d’Etat permet de mettre fin à cette inégalité.

En effet, si le Conseil d’Etat rappelle que ne doivent pas être intégrées, par les organismes de recherche privé, dans la base de calcul de leur propre CIR, les dépenses exposées pour les besoins d’une opération sous-traitée par un tiers, il annule les commentaires administratifs visant l’obligation de déduire les sommes facturées à des tiers au titre de dépenses de recherche qui leur étaient sous-traitées.

Ainsi, sous réserve des modifications qui seront effectivement apportées par l’administration fiscale à cette documentation, cette décision devrait permettre à bon nombre d’organismes de recherche agréés de pouvoir désormais effectivement prétendre au CIR pour les dépenses de recherche réalisées pour leurs propres besoins.

Les faits sont les suivants : la société Takima avait exposé des dépenses de recherche et obtenu un remboursement au titre du CIR de 500 000 euros mais elle avait également, en tant qu’organisme agréé de recherche, travaillé pour le compte de tiers et facturé à ce titre 1,2 M€.

A l’issue d’un contrôle, l’administration fiscale a constaté que ces sommes facturées aux tiers (1,2 M€) n’avaient pas été déduites de la base de calcul de ce crédit et a remis en cause pour ce motif le montant du CIR obtenu.

En effet, en application de commentaires administratifs en vigueur depuis 2014, toutes les sommes perçues par les organismes de recherche en tant que sous-traitant doivent être déduites de la base de calcul de leur propre CIR.

La société s’est pourvue en cassation devant le Conseil d’Etat et ce dernier a tranché en sa faveur en décidant l’annulation des commentaires administratifs évoqués ci-avant imposant la déduction des sommes perçues au titre des dépenses de recherches sous-traitées par des tiers.

1. Sur les opérations de recherche pouvant être prises en compte dans la base du crédit d’impôt des organismes sous-traitant.

En premier lieu il convient de rappeler qu’une société sous-traitante peut prendre en compte dans le calcul de son propre CIR les travaux non contractuellement demandés par un donneur d’ordre dans la mesure où ils sont nettement individualisés [1].

En second lieu, il est relevé que la documentation administrative en vigueur à ce jour prévoit qu’elle ne peut toutefois pas « bénéficier du crédit d’impôt recherche à raison des dépenses correspondant aux opérations qui lui ont été confiées » [2].

Une seule exception à ce principe est prévue, il s’agit du cas où la société donneuse d’ordre ne peut pas bénéficier elle-même de ce crédit d’impôt parce qu’elle ne remplit pas les conditions (ex : organisme public de recherche non lucratif ou entreprise étrangère).

NB : Il est relevé en tant que de besoin que la documentation administrative de 2001 prévoyait que l’organisme sous-traitant pouvait prendre en compte pour le calcul de son propre CIR les dépenses correspondant aux opérations qui lui étaient sous-traitées dès lors que l’entreprise donneuse d’ordre « ne bénéficiait pas » elle-même du CIR mais cette précision n’est plus indiquée dans la documentation administrative en vigueur à ce jour.

La documentation administrative semble donc indiquer que les dépenses qui lui sont confiées par un tiers ne doivent pas être prises en compte dans le montant des dépenses éligibles au CIR de l’organisme sous-traitant.

Nous relevons que dans l’arrêt du 9 septembre 2020, le Conseil d’Etat indique que les commentaires « interprètent la loi fiscale comme ayant pour effet d’obliger les organismes de recherche privés agréés sous-traitant à inclure dans la base de leur crédit d’impôt le montant des dépenses éligibles réalisées dans le cadre d’opérations de recherche conduites pour le compte de tiers éligibles ». Aucune conclusion ne nous semble toutefois devoir être tirée de cette indication dans la mesure où les commentaires administratifs sont considéré par le Conseil d’Etat dans ce même arrêt comme étant « entachés d’incompétence ».

Enfin, en troisième lieu, il s’agit de la solution retenue par le Conseil d’Etat en 2018 qui considérait que l’organisme de recherche privé agréé ne pouvait pas retenir dans la base de calcul de son propre crédit d’impôt les dépenses facturées à ses donneurs d’ordre.

Il indiquait en effet plus précisément « que les sommes reçues par les organismes de recherche privés agréés […] pour la réalisation d’opérations de recherche qui leur sont confiées par des entreprises entrant elles-mêmes dans le champ des bénéficiaires du crédit d’impôt recherche, et qui constituent pour ces entreprises des dépenses éligibles à ce crédit, ne peuvent être incluses dans la base de calcul du crédit d’impôt recherche propre de l’organisme sous-traitant, alors même qu’elles ne seraient pas effectivement prises en compte dans l’assiette du crédit d’impôt recherche de l’entreprise donneuse d’ordre, soit par l’effet des règles de plafonnement prévues à ce même d bis et au d ter du même II, soit du fait d’une renonciation volontaire au bénéfice du crédit d’impôt auquel cette dernière pourrait prétendre » [3].

Dans son arrêt du 9 septembre 2020, le Conseil d’Etat rappelle ce principe et indique que les dispositions de

« l’article 244 quater B du code général des impôts doivent être interprétées comme se bornant à interdire aux organismes de recherche privés agréés d’inclure dans la base de leur propre crédit d’impôt recherche les dépenses exposées pour réaliser des opérations de recherche pour le compte de tiers ».

Par conséquent, au regard de ces dispositions et de la jurisprudence susvisée, confortée par la décision du 9 septembre 2020 du Conseil d’Etat, dans la mesure où une société réalise une prestation de recherche pour les besoins d’une société tierce, elle ne peut pas prendre en compte (sauf cas visé ci-avant), au titre du calcul des dépenses éligibles au Crédit d’impôt recherche, les dépenses exposées pour les besoins d’une opération sous-traitée par un tiers.

2. Sur l’obligation incombant aux organismes sous-traitant de déduire les sommes reçues des organismes pour lesquels les opérations de recherche sont réalisées et facturées.

L’article 244 quater B, III du Code Général des Impôts (CGI) prévoit que les sommes perçues par les organismes de recherche public ou de recherche privé agréé doivent être « déduites des bases de calcul » du CIR déclaré le cas échéant par ces organismes.

L’administration fiscale, dans sa documentation, a interprété cette disposition de la loi de la manière suivante : l’organisme de recherche doit « déduire de la base de calcul de son propre crédit d’impôt recherche les sommes reçues des organismes pour lesquels les opérations de recherche sont réalisées et facturées » [4].

L’imprimé 2069 relatif à la déclaration du CIR actuellement en vigueur prévoit ainsi, à la ligne 79, une case « pour les sous-traitants » pour inscrire le « montant des sommes encaissées au titre des travaux d’innovation qui leur ont été confiées » qui sont déduites de la somme totale des dépenses éligibles au CIR engagées le cas échéant par la société sous-traitante.

Cette solution retenue par l’administration fiscale et la jurisprudence a été critiquée par plusieurs auteurs dans la mesure notamment où le but recherché de la loi, repris par ailleurs par la documentation administrative, était d’éviter que les mêmes opérations de recherche ouvrent droit deux fois au CIR.

Or, dès lors que la société sous-traitante ne peut inclure dans son propre CIR les dépenses de recherche qui lui ont été sous-traitées (cf. 1) et que par ailleurs, elle doit déduire les sommes reçues au titre de ces mêmes dépenses, la société sous-traitante se trouve doublement pénalisées. Bien souvent en pratique, au regard notamment des sommes à déduire du calcul de son crédit d’impôt, cette société ne pouvait ainsi pas bénéficier en pratique du CIR quand bien même elle aurait réalisé des dépenses de recherche éligibles nettement individualisés en interne.

Toutefois, dans cet arrêt en date du 9 septembre 2020, le Conseil d’Etat a indiqué en que les dispositions précitées du CGI

« ne sauraient être lues comme imposant à ces organismes de recherche de déduire de l’assiette de leur crédit d’impôt la fraction des sommes facturées à des donneurs d’ordre pour la réalisation d’opérations de recherche pour le compte de ces derniers qui excéderait le montant des dépenses de recherche éligibles afférentes à ces mêmes opérations ».

Par ailleurs, le Conseil d’Etat a également précisé que les commentaires administratifs susvisés « ajoutent à la loi » en incombant aux organismes de recherches privés agréés de « déduire de leur base de calcul de leur crédit impôt recherche les sommes reçues de donneurs d’ordre pour le compte desquels ils réalisent des opérations de recherche » et sont « entachés d’incompétence ».

Par conséquent, le Conseil d’Etat décide que les commentaires administratifs du deuxième alinéa du paragraphe 220 du Bofip précité (rappelé ci-avant), illustré par un exemple chiffré, sont annulés.

A la lecture de cet arrêt les organismes de recherche agréés ne seront donc plus obligés de déduire de leur propre assiette de CIR les sommes facturées à des tiers en tant que sous-traitants d’opérations de recherche.

Des modifications de la documentation administrative et de l’imprimé 2069 devraient donc avoir lieu prochainement.

Cécile PRIMAULT Responsable juridique e-care expertise comptable et innovation www.e-care.fr Tel : 02 99 64 23 97