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Il me semble dangereux d’affirmer sans réserve que "Enfin, à noter que l’administration peut parfaitement renoncer à l’application des pénalités (CE, 17 mars 2010, Commune d’Issy-les-Moulineaux, req. n°308676), si le cœur lui en dit".
En effet, il ne faut pas oublier que le juge pénal a sa propre logique indépendante de celle du juge administratif et outre que le juge administratif a déjà évolué sur la question (contrôle du caractère excessif des pénalités), la jurisprudence pénale a déjà considéré qu’un délit d’avantage injustifié dans la commande publique (favoritisme). pouvait être commis au cours de l’exécution d’un marché. Donc une remise de pénalité n’est pas une décision à prendre à la légère
En ce sens :
Conclusions du rapporteur public M. Stéphane Dewailly,sur l’affaire CAA de Paris, n° 09PA05083 (reproduit dans https://www.doctrine.fr)
Extrait :
"Rappelons à cet égard que l’application des pénalités de retard n’est pas optionnelle, le pouvoir adjudicateur doit les appliquer, et à plus forte raison, lorsque les délais d’exécution d’un marché public constituent un critère de choix de l’offre…
Le renoncement aux pénalités peut, en fait, être regardé comme constituant un avantage injustifié au sens de l’article L. 432-14 du Code pénal (délit de favoritisme).
Le pouvoir adjudicateur peut toutefois renoncer au bénéfice de ces pénalités de manière expresse et, dans tous les cas, devra être motivée par des raisons d’intérêt général."